Camtrapviz, une interface Shiny pour visualiser les données de pièges photographiques

23 juin 2023 – Rencontres R, Avignon

Lisa Nicvert

Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, Villeurbanne (France)

Stéphane Dray

Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, Villeurbanne (France)

Hervé Fritz

REHABS International Research Laboratory, George (Afrique du Sud)

Sustainability Research Unit, George (Afrique du Sud)

Pièges photos (camera traps)

Piège photo sur le terrain

  • Appareils photos à déclenchement automatique

  • Savoir quelles espèces sont présentes, quand et où

Déploiement de pièges photos

Photo : Karoo NP, Lisa Nicvert | Fond de carte : © contributeurs OpenStreetMap

Données

Photos → données tabulées :

Observations
Espèce Date Heure Piège photo …
elephant 2023-21-06 14:57:12 CAM1
elephant 2023-24-06 06:06:42 CAM2
gnou 2023-24-06 07:42:11 CAM1
Pièges photos
Piège photo Latitude Longitude …
CAM1 43.9790 4.8909
CAM2 43.9500 4.8159
CAM3 43.9521 4.8074

Analyses

  • Indicateurs descriptifs : nombre de pièges photos actifs

  • Graphiques : cartes

  • Analyses spécifiques aux pièges photos : activité temporelle des espèces

Trapping nights 55

 

 

Camtrapviz, c’est une app Shiny

Camtrapviz, c’est une app Shiny

Camtrapviz, c’est aussi un package

  • Utilisation en dehors de l’interface Shiny

  • Installation facile

  • Documentation

Icône de package : juicy_fish - Flaticon

Exporter le code depuis l’interface

Le package Shinymeta permet de générer le code R pour reproduire l’analyse Shiny

Icône d’interface : Freepik - Flaticon

Pourquoi cette app ?

  • Visualiser facilement les données de pièges photos

  • En s’appuyant sur l’écosystème R en écologie

Dessin : Allison Horst

Merci !

Code disponible sur GitHub: https://github.com/LisaNicvert/camtrapviz

Photo : steenbok (Snapshot Safari, modifié par Lisa Nicvert)